Kismayo shahri suahili tilida so‘zlashuvchi bajunilar tomonidan qurilgan. Keyinchalik bu hududga somali qabilalari kelgan. Hozirda shahar va uning atrofidagi aholi turli millat vakillaridan iborat. XV-XVII asrlarda u Ajuran imomati tarkibiga kirgan. 1835 yilda Kismayo va uning atrofi Zanzibar sultoniga bo'ysunadi. 1895 yildan boshlab Kismayo joylashgan Jubaland hududi Britaniyaning Keniya mustamlakasi tarkibiga kirdi. 1925 yilda u Italiyaga ko'chirildi va 1926 yilda Italiya Somalining mustamlakasi tarkibiga kirdi. Kismayo Oltre Jiba provinsiyasi markaziga aylanadi. Shahar beshta tumanga bo'lingan: Farjano, Faanoole, Shaqaalaha, Siinaay va Calanleey.
Shaharning tashkil etilishining boshlanishi barcha to'rt tumanning eng qadimiysi bo'lgan Kalenli tumanidan boshlangan. Etnik somalilardan tashqari, shaharda turli xil aholi guruhlari, jumladan, hindular, arablar, bantular, bravanlar [en], bajunlar va boshqalar yashaydi. Somalida fuqarolar urushi yillarida Kismayoga egalik qilish uchun shiddatli janglar bo'lib o'tdi. Jubalanddagi mojaro bu hududlarga u yoki bu tarzda da'vo qiladigan deyarli barcha Somali klanlariga ta'sir ko'rsatdi, chunki klanlarning har biri Kismayo yoki Quyi Jubada qisman egalik qiladi [2]. Boshqacha qilib aytadigan bo'lsak, janubdagi vaziyatning ziddiyatli salohiyati butunlay bu hududlar kimga tegishli degan asosiy savolga bog'liq.
Har bir urug'ning tarixiy voqealarni talqin qilish asosida o'z talablari mavjud. Kurashning markazida ko'mir eksporti va boshqa tovarlar importidan, ayniqsa Keniyadan shakar kontrabandasidan daromad olish uchun foydalaniladigan port ustidan nazorat bo'lgan. Kismayoni boshqaradigan klanlar Jubalandda yaxshi yashash sharoitlariga ega va ular shaharni ushbu tan olinmagan davlatning poytaxti sifatida qabul qilishadi. Jubba va Tana daryolari orasidagi hududda hukmronlik qiluvchi Darod urug'i oilasining keng tarqalganligiga qaramay, ko'plab boshqa urug'lar va ijtimoiy guruhlar umumiy aholining muhim qismini tashkil qiladi va portning bir qismini olish zarur deb hisoblaydi.
Ammo bu holda, Kismayo ustidan nazoratni qayta taqsimlash Harakat al-Shabab vakili bo'lgan qurolli muxolifat uchun daromad manbai bo'lishi mumkin[3]. Jubalandda tinchlik bitimi uchun urinishlar pastki Jubba va Kismayo porti uchun kurash natijasiga ijobiy ta'sir ko'rsatdi. Boshqa mintaqalardagi to'dalar jangovar harakatlarni davom ettirdilar, ammo shunga qaramay, 1993 yil avgust oyida Jubaland poytaxtida kelishuvga erishildi, unda turli guruhlarning 154 nafar yetakchisi ishtirok etdi.
Biroq 1994 yilning fevralida yana nizo avj oldi va oqsoqollar ikki militsiyaga tinchlik keltira olmadilar. Birlashgan Millatlar Tashkilotining Somalidagi tinchlikparvar operatsiyasi, UNOSOM II, Kismayoda etakchi jangarilar o'rtasidagi mojaroni hal qilish uchun keng qamrovli kelishuvdan milliy yarashuv uchun shablon sifatida foydalanishga harakat qildi. 1994 yil may oyida BMTning maxsus vakili Lansana Kouyate Nayrobidagi kelishuvni "harbiy qo'mondonlar endi tinch rahbarlar" degan nutq bilan muhrladi, ammo optimistik xulosa keyingi voqealar tomonidan qo'llab-quvvatlanmaydi. Milliy yarashuv boʻyicha keng qamrovli konferensiya boʻlib oʻtmadi[4].
Kismayo dastlab 1999 yilda tuzilgan Jubba vodiysi alyansi uchun tayanch nuqtasi bo'lgan. 2006 yil sentyabr oyida shahar Islom Sudlari Ittifoqi qo'shinlari tomonidan ishg'ol qilindi, ammo 2007 yil 1 yanvarda ular Efiopiya armiyasi va Somali o'tish hukumati qismlari tomonidan Kismayodan quvib chiqarildi. 2008 yilning avgustidan beri Kismayo Islom sudlari ittifoqining radikal qanoti Harakat ash-Shabob kuchlari tomonidan nazorat qilinadi. 2012 yilning kuzida Afrika Ittifoqi kuchlari (xususan, Keniya va Efiopiya, Somalining oʻtish davri hukumati va Raskamboni harakati yordamida) Harakat ash-Shababni Kismayodan haydab, shaharni nazorat ostiga oldi.
