GOLGA8H
Transkripsiya[tahrir | manbasini tahrirlash]
GOLGA8Hning izoformlari mavjud emas[1].
Bir nechta ketma-ketlikni tekislash[tahrir | manbasini tahrirlash]
Paraloglar[tahrir | manbasini tahrirlash]
Clustal Omeg yordamida GOLGA8H hamda uning eng yaxshi yettita paralogining bir nechta ketma-ketlik hizalamasi (MSA) yaratilgan. Golgin kichik oilasi Aʼzosi 8 guruhidagi barcha sakkizta gen uzunligi 632 aminokislotadan iborat edi. GOLGA8Hning barcha 632 ta aminokislotalari va uning eng yaxshi yettita paralogi tahlil qilindi. Clustal Omega yordamida solishtirildi va Golgin Subfamily Aʼzosi 8H, GOLGA8H, alohida shaxs ekanligini tushunish uchun tahlil qilindi va taqqoslandi. Ikkita aminokislota GOLGA8H ni noyob qiladi: aminokislota 32tada valin va 169 aminokislotadagi sistein[2] Barcha yetti paralog uchun 32-pozitsiyadagi aminokislotalar izolosin va 169-pozitsiyadagi aminokislotalar arginindir[2]
Protein[tahrir | manbasini tahrirlash]
GOLGA8Hning taxminiy molekulyar ogʻirligi, uchta muhim raqamga yaxlitlangan holda, 71,3kDani tashkil qiladi[3]. Bu nazariy qiymat; bashorat qilingan molekulyar ogʻirliklar faqat protein tarkibidagi aminokislotalarga asoslanadi. GOLGA8H ning nazariy izoelektrik nuqtasi bitta muhim raqamga yaxlitlanadi, pI8[3]ga teng.
Tarkibi[tahrir | manbasini tahrirlash]
Boshqa inson oqsillari bilan solishtirganda, GOLGA8H yarim glutamin va glutamat bilan boyitilgan[4]. Aksincha, GOLGA8H treonin, fenilalanin va tirozinda kamaygan[4].
GOLGA8H oqsilida zaryad oqimi, hidrofobik segmentlar yoki transmembran domenlari mavjud emas[4]. Protein uchun 62 ta aminokislota multipleti mavjud. Bu kutilgan diapazondan yuqori[4]. Shuningdek, u yuqori davriylikka ega boʻlgan aminokislota naqshlariga ega[4].
Motiflar[tahrir | manbasini tahrirlash]
GOLGA8Hda 11 ta motif mavjud[5]. Yagona eksperimental tasdiqlangan motiv 323-416 aminokislotalar hududida joylashgan glutaminga boy oqsildir.
| Motif # | Motif haqida maʼlumot |
| 1 | N-glikozillanish joyi |
| 2 | cAMP- va cGMP-ga bogʻliq protein kinaz fosforillanish joyi |
| 3 | Kazein kinaz II fosforillanish joyi |
| 4 | N-miristillanish joyi |
| 5 | Protein kinaz C fosforillanish joyi |
| 6 | Alaninga boy mintaqa profili |
| 7 | Glutaminga boy hudud profili (eksperimental tasdiqlangan) |
| 8 | K-box domen profili |
| 9 | Ikki tomonlama yadroviy lokalizatsiya signali profili |
| 10 | HCaRG oqsili |
| 11 | Involukrin takrorlanadi |
Ikkilamchi tuzilma[tahrir | manbasini tahrirlash]
Phyre2 yordamida 284ta qoldiq (GOLGA8Hning 45%) yagona eng yuqori ball shabloniga 97,8% ishonch bilan modellashtirildi[6]. Ushbu struktura alfa spirallarining juda yuqori qismini koʻrsatadi[6]:
Uchinchi darajali tuzilma[tahrir | manbasini tahrirlash]
GOLGA8Hning uchinchi darajali tuzilishi uchun bashorat qilingan model I-TASSER[7] yordamida yaratildi.
Transkript darajasini tartibga solish[tahrir | manbasini tahrirlash]
Promouter[tahrir | manbasini tahrirlash]
GOLGA8Hgeni uchun bitta promotor mavjud, GXP_2235212, uzunligi 1197 nt[8]. U musbat ipda 30,603,030 dan 30,604,226 gacha boʻlgan asosiy juftliklardan yotadi[8].
Transkripsiya faktorini ulash joylari[tahrir | manbasini tahrirlash]
Bir qancha transkripsiya omillari promotor ketma-ketligiga bogʻlanishi taxmin qilinadi. Baʼzi misollar[8]:
- Miyoblastni belgilovchi omillar
- MAF va AP1 bilan bogʻliq omillar
- GATA bogʻlovchi omillar
- E-box bogʻlovchi omillar
- AP4 va tegishli oqsillar
- Braxyuri geni, mezoderma rivojlanish omili
- Peroksizoma proliferatori tomonidan faollashtirilgan retseptor
- CCAAT bogʻlovchi omillar
Manbalar[tahrir | manbasini tahrirlash]
- ↑ „GOLGA8H golgin A8 family member H [Homo sapiens (human) - Gene - NCBI“]. www.ncbi.nlm.nih.gov. Qaraldi: 2019-yil 24-fevral.
- ↑ 2,0 2,1 „Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI“. www.ebi.ac.uk. Qaraldi: 2019-yil 15-may.
- ↑ 3,0 3,1 „ExPASy“. web.expasy.org. Qaraldi: 2019-yil 13-may.
- ↑ 4,0 4,1 4,2 4,3 4,4 „SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI“. www.ebi.ac.uk. Qaraldi: 2019-yil 13-may.
- ↑ 5,0 5,1 „PROSITE“. prosite.expasy.org. Qaraldi: 2019-yil 13-may.
- ↑ 6,0 6,1 „Phyre 2 Results for GOLGA8H“. www.sbg.bio.ic.ac.uk. Qaraldi: 2019-yil 13-may.
- ↑ „I-TASSER results“. zhanglab.ccmb.med.umich.edu. 2019-yil 13-mayda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 2019-yil 13-may.
- ↑ 8,0 8,1 8,2 „Genomatix: Gene2Promoter“. www.genomatix.de. 2022-yil 27-noyabrda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 2019-yil 14-may.