Deinococcota: Versiyalar orasidagi farq

Vikipediya, ochiq ensiklopediya
Keyingi tahrir →
Kontent oʻchirildi Kontent qoʻshildi
VizualVikimatn
Wikisurgery94 (munozara | hissa)
5 797 edits
„Deinococcota“ sahifasi tarjima qilib yaratildi
(Farq yoʻq)

23-Oktyabr 2022, 13:13 dagi koʻrinishi

Kenja turkum: Deinococci
Deinococcota
Ilmiy tasnifi e
Olam: Bacteria
Subkingdom: Negibacteria
Bo'lim: Deinococcota

Weisburg et al. 2021[1]
Sinf: Deinococci

Garrity and Holt 2002[2]
Tartib & Turga oid oilalar
Sinonimlari
  • "Deinobacteria" Cavalier-Smith 2006
  • "Deinococcobacteria" Margulis & Schwartz 1998
  • "Deinococcaeota" Oren et al. 2015
  • "Deinococcota" Whitman et al. 2018
  • "Deinococcus–Thermus" Weisburg et al. 1989
  • "Hadobacteria" Cavalier-Smith 2006[3]
  • "Xenobacteria"

Deinococcota (sinonimi, Deinococcus -Thermus ) - bu ekstremofillar sifatida ham tanilgan, atrof-muhitning xavf-xatarlariga yuqori darajada chidamli bo'lgan Deinokokklar sinfiga ega bakteriyalar turkumi hisoblanadi. [4] Bu bakteriyalar qalin hujayra qobig'ilariga ega bo'lib, ularga gramm-musbat dog'lar beradi, lekin ularning hujayra qobig'ida ikkinchi qavat membranani mavjud bo'lganligi uchun tuzilishi jihatidan gramm-manfiy bakteriyalarga yaqinroq turadi. [5] [6] [7]

Taksonomiyasi

Deinococcota filumi taksonomik jihatdan bitta sinfdan ( Deinokokklar ) va ikkita tartibdan iborat:

  • Deinokokklar ikkita oilani (Deinococcaceae va Trueperaceae ) o'z ichiga oladi. Ushbu vakilarining uchta avlodi, Deinococcus, Deinobacterium va Truepera kabilar kiradi. [8] [9] [10] Truepera radiovictrix taksonomik tartibning eng erta ajralib chiqadigan a'zosi hisoblanadi. [8] Tartib doirasida Deinococcus Deinobacterium va Truepera turlariga nisbatan alohida monofiletik klaster hosil qiladi. [11] Maskur tartibga oid turlar radiatsiyaga chidamli bir nechta turlarni o'z ichiga olib, ular yadro chiqindilari va boshqa zaharli moddalarni iste'mol qilish, anaerob sharoitlarda omon qolish va issiq yoki sovuqning haddan tashqari salbiy ta'sirlari sharoitlarida omon qolish qobiliyati bilan ajralib turadi. [12]
  • Thermaleslar issiqqa chidamli bir necha avlodlarni ( Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus, Rhabdothermus ) o'z ichiga olgan holda, bir oilaga, Thermaceae ichiga birlashtirilgan. [9] [10] [13] Filogenetik tahlillar shuni ko'rsatadiki, Thermaleslar, Meiothermus va Termus turlari ichida monofiletik klaster hosil qiladi, Marinithermus, Okeanithermus, Vulcanithermus va Rabdothermusga nisbatan tartib ichida tashqi guruhlar sifatida tarmoqlarga bo'linadi. [11] Bu Meiothermus va Thermus turlarining tartibdagi boshqa avlodlarga nisbatan bir-biri bilan chambarchas bog'liqligini ko'rsatadi. Termus aquaticus polimeraza zanjiri reaktsiyasining rivojlanishida muhim ahamiyatga ega bo'lib, termobarqaror DNK polimeraza fermentini qo'llash orqali bu yerda DNKni qismlarga bo'lish va parchalashining takroriy sikllarini amalga oshiradi . [14]

Garchi bu ikki guruh umumiy ajdoddan kelib chiqqan bo'lsa ham, qarama-qarshilikning ikkita mexanizmi asosan mustaqil bo'lib ko'rinadi. [11] [15]

Molekulyar belgilari

Konservatsiyalangan imzo indekslari (CSI) va oqsillar (CSPs) ko'rinishidagi molekulyar imzolar (DNKning kichik qismidagi axborot) topildi, ular Deinococcota filumiga mansub barcha a'zolari tomonidan yagona nushada teng taqsimlangan. [4] [11] Ushbu CSI va CSPs o'ziga xos xususiyati tartibni boshqa barcha bakterial organizmlardan ajratib turuvchi xususiyatlari bo'lib, ularning eksklyuziv tarqalishi fiziologiyada kuzatilgan CSI va CSPs, shuningdek, tartib ichidagi ketma-ketlik va oila darajasidagi taksonomik reytinglarni qo'llab-quvvatlaydigan farqlarga parallel bo'lishi isbotlandi. Tekshiuvlar darajasidagi farqlarni qo'llab-quvvatlaydigan ba'zi CSI-lar tegishli ekstremofil xususiyatlarda rol o'ynaydi deb baholangan. [11] Thermales turlarida DNKga yo'naltirilgan RNK polimeraza bo'linmasi beta va DNK topoizomerazasida topilgan CSI'lar termofillikda ishtirok etishi mumkin, [16] Deinokokkalar turlarida aniqlangan eksinukleaza ABC, DNK giraza va DNKni tiklash RadA proteinida radiorezistentlik bilan bog'liq bo'lishi mumkin degan tahminlar mavjud. [17] Deinococcus turiga mansub barcha a'zolar uchun noyob topilgan ikkita CSP yaxshi xarakterli bo'lib, ularning xarakterli radiorezistent fenotipida muhim ahamiyatga ega deb hisoblanadi. [11] Ushbu CSPlar DNKning zararlanishini tiklaydigan protein PprA, bir zanjirli DNKni bog'laydigan DdrB oqsilini o'z ichiga oladi.

Bundan tashqari, ushbu guruhdagi ba'zi avlodlar, jumladan Deinococclar, Thermus va Meiothermus, shuningdek, ularni guruhning qolgan qismlaridan va boshqa barcha bakteriyalardan ajratish uchun o'z tarkibi, tuzilishi bilan kerakli vositani ta'minlab, ularning tegishli turlarini o'z ichiga olgan individual avlodlar sifatida ajratib turadigan molekulyar belgilarga ega hisoblanadi. [11] Truepera radiovictrix uchun maxsus CSI'lar ham topilgan.

Filogeniyasi

16S rRNK asosidagi LTP_01_2022 tasnifi[18][19][20] Genom taksonomiyasi ma'lumotlar bazasi tomonidan GTDB 07-RS207 tasnifi[21][22][23]
 
Thermales
Thermaceae
 
 

"Allomeiothermus"

 
 
 

Calidithermus

 
 

Meiothermus

 
 
 
 
 
 

Rhabdothermus

 
 

Vulcanithermus

 
 
 
 

Oceanithermus

 
 
 

Marinithermus

 
 

Thermus

 
 
 
 
 
 
 
Trueperales
Trueperaceae

Truepera

 
 
Deinococcales
Deinococcaceae
 

Deinobacterium

 
 

Deinococcus

 
 
 
 
 
 
Deinococcales
 
"Marinithermaceae"
 

Marinithermus

 
 

Oceanithermus

 
 
Thermaceae
 
 

"Allomeiothermus"

 
 
 

Calidithermus

 
 

Meiothermus

 
 
 
 

Thermus

 
 
 
 
Trueperaceae

Truepera

 
Deinococcaceae
 
 

Deinobacterium

 
 

Deinococcus species-group 2

 
 
 

Deinococcus

 
 
 
 
 

Taksonomiyasi

Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiya Nomenklaturada (LPSN) [24] va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI) [25] bilan prokariotik nomlar ro'yxatiga asoslangan holda yaratilgan.

  • Phylum Deinococcota Oren va Garrity 2021-yil
    • Class Deinococci Garrity & Holt 2002 ["Deinococcia" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; "Thermi" Rinke va boshqalar. 2013 yil ; "Thermia" Cavalier-Smit 2020-yil ]
      • Buyurtma Deinococcales Rainey va boshqalar. 1997-yil [Trueperales Garcia-López va boshqalar. 2020-yil ]
        • Deinococcaceae oilasi Bruks va Murray 1981-yil tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997 -il
          • Genus Deinococcus Brooks va Murray 1981-yilda tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997-yil
          • Genus Deinobacterium Ekman va boshqalar. 2011-yil
        • Trueperaceae oilasi Rainey va boshqalar. 2005-yil
          • Truepera da Kosta jinsi, Reyni va Albukerke 2005-yil
      • Thermales Rainey va Da Kosta 2002-yil
        • Oila Thermaceae Da Kosta va Rainey 2002-yil
          • " Allomeiothermus " turlar Jiao va boshqalar. 2022-yil
          • Genus Calidithermus Raposo va boshqalar. 2019-yil
          • Genus Marinithermus Sako va boshqalar. 2003-yil
          • Genus Meiothermus Nobre va boshqalar. 1996 yil tuzatildi. Albuquerque va boshqalar. 2009 yil
          • Okeanithermus jinsi Miroshnichenko va boshqalar. 2003 yil tuzatish. Mori va boshqalar. 2004 yil
          • Genus Rhabdothermus Steinsbu va boshqalar. 2011-yil
          • Genus Thermus Brock and Freeze 1969-yilda tuzatilgan. Nobre va boshqalar. 1996-yil
          • Jins Vulcanithermus Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil

Ketma-ket genomlari

Hozirgi vaqtda ushbu bo'limda 10-ta ketma-ket genomlar mavjud hisoblanadi [26]

  • Deinococcus radiodurans R1
  • Thermus thermophilus HB27
  • Thermus thermophilus HB8
  • Deinococcus geothermalis DSM 11300
  • Deinococcus deserti VCD115
  • Meiothermus ruber DSM 1279
  • Meiothermus silvanus DSM 9946
  • Truepera radiovictrix DSM 17093
  • Okeanithermus profundus DSM 14977

Meiothermus turkumiga oid ikkita turi bakteriya va arxeya genomik entsiklopediyasi (GEBA) loyihasi homiyligida sekvensiyalangan boʻlib, u organizmlarni patogenlik yoki saprofitlikka emas, balki filogenetik yangilikka asoslangan holda tartiblashga qaratilgan hisoblanadi. [27]

Yana qarang

  • Bakteriyalar avlodlari ro'yxati
  • Bakterial turkummalar ro'yxati

Manbalar

  1. ↑ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. S2CID 239887308.
  2. ↑ Garrity GM, Holt JG. (2001).
  3. ↑ Cavalier-Smith T (2006).
  4. ↑ 4,0 4,1 "Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum". Int. Microbiol. 10 (3): 201–8. September 2007. PMID 18076002. Archived from the original on 2011-06-14. https://web.archive.org/web/20110614000738/http://www.im.microbios.org/1003/1003201.pdf.  Manba xatosi: Invalid <ref> tag; name "pmid18076002" defined multiple times with different content
  5. ↑ "Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes". Antonie van Leeuwenhoek 100 (2): 171–182. 2011. doi:10.1007/s10482-011-9616-8. PMID 21717204. PMC 3133647. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=3133647. 
  6. ↑ "Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria". Arch Microbiol 196 (4): 307–310. 2014. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491. http://nrl.northumbria.ac.uk/16439/1/AOMI-D-14-00009.pdf. 
  7. ↑ "A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture". Trends Microbiol 18 (10): 464–470. 2010. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628. 
  8. ↑ 8,0 8,1 "Truepera radiovictrix gen. nov., sp. nov., a new radiation resistant species and the proposal of Trueperaceae fam. nov.". FEMS Microbiol Lett 247 (2): 161–169. 2005. doi:10.1016/j.femsle.2005.05.002. PMID 15927420. 
  9. ↑ 9,0 9,1 Garrity GM, Holt JG. (2001) Phylum BIV.
  10. ↑ 10,0 10,1 Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005) Phylum BIV.
  11. ↑ 11,0 11,1 11,2 11,3 11,4 11,5 11,6 "Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups". Syst Appl Microbiol 39 (7): 453–463. 2016. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.  Manba xatosi: Invalid <ref> tag; name "pmid27506333" defined multiple times with different content
  12. ↑ "Why is Deinococcus radiodurans so resistant to ionizing radiation?". Trends Microbiol 7 (9): 362–5. 1999. doi:10.1016/S0966-842X(99)01566-8. PMID 10470044. 
  13. ↑ {{Veb manbasi}} andozasidan foydalanishda sarlavha= parametrini belgilashingiz kerak. „“. www.bacterio.cict.fr. 2013-yil 27-yanvarda asl nusxadan arxivlangan.
  14. ↑ "A general method of site-specific mutagenesis using a modification of the Thermus aquaticus". Anal Biochem 180 (1): 147–151. 1989. doi:10.1016/0003-2697(89)90103-6. PMID 2530914. 
  15. ↑ "Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: Divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance". BMC Evol. Biol. 5: 57. 2005. doi:10.1186/1471-2148-5-57. PMID 16242020. PMC 1274311. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1274311. 
  16. ↑ "Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution". Cell 98 (6): 811–824. 1999. doi:10.1016/S0092-8674(00)81515-9. PMID 10499798. 
  17. ↑ "Analysis of Deinococcus radiodurans's transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance". Genetics 168 (1): 21–23. 2004. doi:10.1534/genetics.104.029249. PMID 15454524. PMC 1448114. http://www.genetics.org/content/168/1/21.long. 
  18. ↑ „The LTP_01_2022“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  19. ↑ „LTP_all tree in newick format“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  20. ↑ „LTP_01_2022 Release Notes“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  21. ↑ „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  22. ↑ „bac120_r207.sp_labels“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  23. ↑ „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 2022-yil 20-iyun.
  24. ↑ J.P. Euzéby. „Deinococcota“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Qaraldi: 2022-yil 22-yanvar.
  25. ↑ Sayers. „Deinococcus-Thermus“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Qaraldi: 2016-yil 20-mart.
  26. ↑ „Microbial Genomes“.
  27. ↑ Wu, D.; Hugenholtz, P.; Mavromatis, K.; Pukall, R. D.; Dalin, E.; Ivanova, N. N.; Kunin, V.; Goodwin, L. et al. (2009). "A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea". Nature 462 (7276): 1056–1060. doi:10.1038/nature08656. PMID 20033048. PMC 3073058. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=3073058.  
"https://uz.wikipedia.org/w/index.php?title=Deinococcota&oldid=3108307" dan olindi